(一)办公室

　　协调机关日常政务，管理机关行政事务，负责会议组织、文电处理、秘书事务、信息综合、新闻宣传、档案管理和计划生育统计、信访、保密、保卫等工作；负责配合宏观调控部门贯彻实施国家食品和医药产业政策。

　　(二)政策法规科

　　组织开展食品药品监督管理法律法规的宣传教育并监督实施；负责行政执法监督，组织本机关听证、行政复议等工作，承担规范性文件的备案审查和行政处罚案件的审核工作。

　　(三)食品安全监察与协调科

　　依法行使食品、保健品、化妆品安全管理的综合监督职责，组织协调有关部门承担的食品、保健品、化妆品安全监督工作；组织当地有关部门拟定食品、保健品、化妆品安全管理的工作规划并监督实施；综合协调食品、保健品、化妆品安全的监测与评价工作，收集并汇总食品、保健品、化妆品安全信息并定期向社会发布；依法组织开展对当地食品、保健品、化妆品重大安全事故的查处；组织协调开展当地食品、保健品、化妆品安全的专项执法监督活动；组织协调和配合有关部门开展食品、保健品、化妆品的安全重大事故应急救援工作；负责保健品广告的监督检查。

　　(四)药品注册安全监管科

　　监督实施中药材生产质量、药品生产质量、医疗机构制剂管理规范；依法监管麻醉药品、精神药品、毒性药品、戒毒药品和放射性药品的生产、经营和使用；组织实施非处方药制度，配合上级部门组织开展药品不良反应监测和药品的再评价；负责二、三类药品包装材料(容器)的初审工作，对药品包装材料生产、经营、使用单位实施监督检查；协助做好中药保护品种、已有国家标准药品、医疗机构制剂品种等相关事宜；指导药品检验机构的业务工作。

　　(五)药品市场监督科

　　贯彻实施药品流通法律法规，监督实施处方药、非处方药、中药材、中药饮片的购销规则；监督实施药品经营质量管理规范；依法核发药品经营企业零售许可证；依法对医疗机构药品使用实施监督；监督抽验辖区内药品生产、经营、使用单位的药品质量，协助做好药品质量公报工作；监督检查药品广告。

　　(六)医疗器械科

　　监督实施医疗器械、卫生材料产品的法定标准和产品分类管理；协助推行医疗器械质量体系认证和产品安全认证制度；协助核发医疗器械生产企业许可证、经营企业许可证；依法核发一类医疗器械产品注册证；依法监管医疗器械(含特种药械)的科研、生产、流通和使用；监督检查医疗器械广告。

　　(七)财务科

　　负责局机关和直属机构的资产、财务管理，按照规定管理规费，实行收支两条线；对直属事业单位的资产、财务实行监督管理。

　　(八)人事教育科

　　制定本地区食品药品监督管理人员培训规划并组织实施；负责局机关及直属单位的干部、人事、离退休干部管理、劳资、职称和外事行政等有关工作。

　　按有关规定，设置机关党委、监察室。

　　机关党委。负责局机关和直属单位的党群工作。

　　监察室(与纪检组合署办公)。在上级纪检、监察部门和本局党组的领导下，开展行政监察工作，负责局机关和直属单位工作人员违纪违规案件的查处工作，配合开展党风廉政建设的宣传教育工作。

　　湖南省365APP下载稽查办公室，为局直属机构，正科级。主要职责是：受理案件举报和投诉，负责依法查处药品(医疗器械、药品包装材料和容器)违法行为和责任人；协调重大案件、跨地区案件的处理。